反渗透脱盐系统的设计是根据原水水质、产水水质及水量要求，排放水量的要求及场地情况等原始资料，选择合理的水处理工芤艺程，选择适当的摸元件，确定膜元件数量及组件的排列方式，选择高压泵等。设计工作是水处理系统建造的重要环节，往往对工程质量、投资、制水成本控制等起着决定性作用。
目前国内部分厂家的反渗透脱盐工艺的设计如下：
一、设计依据资料的准备
    1、水源水质分析数据（反渗透系统选用灰石芨要求的预处理工艺的依据）；
    2、水源水持可能的变化趋势（设计合理的水处理系统的依据）；
    3、产水水质的要求指标（进行反渗透脱盐系统膜的造型、组件的排列方式以及后处理系统设计的依据）；
二、基本流程的确定
    1、预处理方案的确定
    2、反渗透装置的设计，包括：a：根据水源及水质确定使用膜元件的类型；b：根据对产水量和产水水质的要求，确定膜元件的数量、膜组件的排列方式和反渗透装置的回收率；c：根据计算出的膜组件所需的推动压力进行高压泵的选型；d：配置仪表、阀门等配件；
   3、后处理工序的设置
三、运行监控系统的设计
四、膜和膜组件的清洗及维护方案的确定
五、运行实验，修改设计方案