紫外线是一种肉眼看不见的光波存在于光谱紫外线端的外侧，故称之为紫外线，依据不同的波长范围，被割分头A、B、C 三种波段，其中的 C 波段紫外线波长240-260nm之间，为有效的杀菌波段，波段中之波长强点是 253.7nm。超纯水机紫外消毒的杀菌原理是利用紫外线光子的能量破环水体中各种病毒、细菌以及其它致病体的 DNA 结构。主要是使 DNA 中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，例如使DNA中THYMINE 二聚，从而使各种病毒、细菌以及其它致病体丧失复制繁殖能力，达到灭菌的效果。波长为 185nm 的紫外线与空气作用会产生臭氧，臭氧是强氧化剂,具有杀菌效果和对有机物的消解作用，能有效的降低TOC。

紫外线灭菌仪在小流量的纯水设备中常见，作为有效的灭菌装置，可以对通过过流腔的溶液内的细菌、病毒进行处理。杀菌的效率与 253.7nm 波长的紫外线与液体接触的时间，以及照射强度有关。紫外灯管都有一定的寿命，长期使用的紫外灯管照射强度降低，影响灭菌效果，应予以更换。

常见的紫外灭菌仪分为过流式和浸没式，优普使用的过流式通常由过流腔体(304 不锈钢材质，内壁抛光)、紫外灯管、套管(石英玻璃对紫外线无阻挡)、电源构成，高档的过流式紫外灭菌仪还有计时器和光强监测，可以观测紫外灯管的使用时间和紫外线的照射强度。